Cuando Okajima Rokuro visita el Sureste de Asia llevando un disco de alto secreto, es secuestrado por unos piratas, montados en el lanzador de torpedos Black Lagoon. A pesar de pensar que le rescatarían en seguida, la compañía para la que trabaja lo abandona y envían mercenarios a recuperar el disco. De pura suerte, consigue mantenerse con vida, pero no tiene a donde ir. Olvida su nombre y su pasado, y se decide a unirse al grupo del Black Lagoon.