Debido a una catastrofe originada por un planeta acuático, seis billones de vidas y el 90% de la tierra fue inundada por el mar. Más tarde, la catástrofe fue llamada "Hammer of Eden". Han pasado 14 años desde entonces, los supervivientes han creado en aquellas ruinas la New United Nations, y buscan la paz.
Yabitsu fue la ciudad a la que el tsunami trajo un carguero nuclear. Esta ciudad había prosperado gracias a la energía del generador nuclear del cargero. Keel, un chico que vivia en esta ciudad, no tenía parientes. Su suegra, Aoi, era la secretaria general de New United Nations. Ella creía que la catástrofe era la mejor oportunidad para toda la raza humana, e hizo grandes esfuerzos para crear un mundo nuevo donde la pudieran ayudarse unos a otros superando las diferencias de razas, ideologias y religiones. Sin embargo, los nacionalismos eran más fuertes que antes de la catástrofe.
Un militar, Gould, debía ayudarla en la reconstrucción del mundo. Sin embargo no estaba de acuerdo con las razas humanas. Pensaba que el poder militar era la única manera de restablecer el orden. Entonces dió un golpe de estado utilizando a Ulysses, un estratégico submarino nuclear, y declaró la guerra a New United Nations
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