Me respondo a mí mismo, pero por ahí le puede servir a alguno, que haya cometido el mismo error que yo.
El archivo .exe en la carpeta crack, no crackea automáticamente el juego, como yo creí inicalmente.
Lo que se debe hacer es reemplazar el archivo del mismo nombre contenido en el programa original. Comunmente ubicado en C:\archivos de programa\Konami\Yu-Gi-Oh!...\***.exe.
Esto puede verificarse, haciendo click derecho en el ícono creado en el escritorio, propiedades, acceso directo, destino.
Bueno, espero que sirva de ayuda...