Deberias entar a la bios (al encender pulsar Del o SUpr, o F2, o la que use tu motherboard, por lo general son alguna de esas, luego cuando entres al menu del bios, busca por ahi "Boot priority" o algo asi, alli elejis dispositivo IDE 0 (o alli se indica la marca, modelo y cap de tu disco) o IDE 1 ( o sea el segundo disco),luego grabas los cambios en la bios, y eso deberia ser suficiente para que arranques de uno o de otro, eso es a nivel bios, existen otras alternativas pero es adentro de windows y es mas complicado....Proba con eso, si anda barbaro, si no avisa.
Suerte
Maico