[AYUDA] Empezando con Linux Ubuntu

1º: si podes hacerlo con el partition, o tambien cuando instales Ubuntu te va a dar la opcion de reparticionar tu HD, y salvas todo lo que tengas, recomendable si estas usando windows : desfracmentar el HD antes de particionarlo.
2º: esa seria la idea de particionar el HD, no? en uno dejas tu S.O. actual y en la nueva particion instalas el que quieras.
3º: NTFS es un sistema nativo en Windows solamente, pero podes montar una particion NTFS en Linux, y vas a poder ver tus NTFS.
4º: podes formatear la particion donde hayas instalado el S.O. nuevo y darle un formato compatible con el S.O. que planees utilizar.
5º: Si, viene por defecto, al menos en Ubuntu.
6º: una vez que tengas instalado Ubuntu, abris una consola y escribis lo siguiente:
apt-get install amule
y listo! eso te baja, instala y configura el cliente E2K automágicamente.

Mira, creo que te respondio todo, te recomiendo una pagina a vos que empezas con ubuntu que te explica la amyoria de las dudas que puedas tener:

www.guia-ubuntu.org

Si le pegas una leida vas a ver que todo es simple pero diferente con respecto a windows.