es normal eso. las nuevas versiones de mame corrigen cosas en los romsets, aveces cambian la forma en la que se organizan el juego principal y sus clones, o descubren que cierto archivo esta "mal dumpeado" (no fue correctamente extraida la informacion original del juego) por lo tanto es muy posible que en el cambio de version algunos juegos no sean reconocidos. La solucion es bajarlo nuevamente. Podes bajar packs de actualizacion, que siempre salen, para no tener que bajar TODOS devuelta.
saludos