En algun momento te tiene que haber preguntado la instalacion si querias convertir o formatear el disco como NTFS, deberias haber elegido formatear, porque si convertis, los archivos viejos no se borran, y el gestor de arranque cree que hay dos sistemas opertivos ahora. De todas maneras, si convertiste a NTFS, Windows 98 nunca va a arrancar, porque no soporta ese formato. No se como modificar el gestor de arranque, si fuera yo, bootearia de nuevo, formatearia e instalaria windows 2000, total no hay ningun dato ni configuracion que quieras salvar.
De todas formas creo que se puede editar el archivo boot.ini, y ahi estan los datos de los sistemas operativos disponibles, borra la linea correspondiente a windows 98 y probá.